冷水机组在启动前会对电源相序进行校正，所有螺杆式压缩机都存在螺杆转向问题。螺杆式压缩机不能反转，如果反转了就不能产生润滑油的油压。所以，在冷水机中，设有反相保护器，其作用是当接入电源的相序与冷水机的预设相序不同时，反相保护器将切断电机的电源，只有当接入电源的相序与冷水机的预设相序相同时，电机才能顺利上电;在冷水机组出厂试验时对逆相保护器的预设相序做好了调整。客户试机时，接通电源，打开冷冻水泵和冷却水泵，启动压缩机，如果压缩机能通电运行，并能立即建立制冷系统的高压，说明电源相序正确，调试工作可接着进行。反之，如果按下启动按钮后，压缩机不运行，说明电源相序不对，更换冷水机三相电源中的任意两相。
需要注意的是，螺杆式冷水机组正确的启动顺序应为:先打开冷冻水泵，再打开冷却水泵，待两个水循环系统运行正常后，按下冷水机组控制板上的启动按钮，压缩机延时三分钟后自动有序运行。
使用良源螺杆式冷水机组时，必须等冷冻水系统和冷却水系统运行正常后，才能启动螺杆式压缩机。一旦水系统出现问题，必须先断开压缩机的电源，或者按下控制面上的停止按钮，只有两个水系统都正常运行时，冷水机才能正常运行。判断螺杆式冷水机运行正常与否，可以观察控制板上的压力表指标，若高压指标为12~17kg/cm2，低压指标为4~6kg/cm2，说明冷水机组制冷系统运行正常。需要注意的是，如果冷却水供给不足，流量过小时，会导致高压表读数增加，严重时报警灯亮，出现停机报警。维修工作人员要查明故障情况，解决了故障后，再按下停止按钮，报警灯熄灭，然后按顺序重新启动冷水机。冷水机组的运行实践证明，一般冷却水循环系统的故障是造成冷水机组故障的主要原因。